APLICACIONES NATIVAS
Una aplicación nativa es la que se desarrolla de forma específica para un determinado sistema operativo, llamado Software Development Kit o SDK. Cada una de las plataformas, Android, iOS o Windows Phone, tienen un sistema diferente, por lo que si quieres que tu app esté disponible en todas las plataformas se deberán de crear varias apps con el lenguaje del sistema operativo seleccionado.
APLICACIONES WEB
Una aplicación web o webapp es la desarrollada en HTML, Javascript y CSS. La principal ventaja con respecto a la nativa es la posibilidad de programar independiente del sistema operativo en el que se usará la aplicación. De esta forma se pueden ejecutar en diferentes dispositivos sin tener que crear varias aplicaciones ya que se ejecutan mediante el navegador.
APLICACIONES HÍBRIDAS
Una aplicación híbrida es una aplicación la cual es desarrollada con HTML5, CSS3 y JavaScript (AngularJS) y se pueden ejecutar en cualquier plataforma como lo es ios y android. Pero no acceden de forma completa hardware del dispositivo ya que se necesitaría lenguaje nativo de cada plataforma (android y iOS), al no ser nativas este tipo de apps en ocasiones son lentas.